El algodón se cultiva fundamentalmente para la producción de fibras que constituyen alrededor del 40% del peso del fruto. El resto corresponde a la semilla que se utiliza principalmente en alimentación animal, bien directamente (semilla entera de algodón), bien previa extracción de aceite para el consumo humano (harina de algodón). La extracción se hace generalmente mediante disolventes (hexano), tras separar el grano de la cascarilla y de los restos de borra. El disolvente puede aplicarse de forma directa o previa presión (procedimiento preprensado). Este último es el que permite obtener un producto de mayor calidad, y es el más utilizado en la actualidad. La harina de algodón comercial tiene un contenido en fibra bruta en torno al 16-17%, debido a la adición posterior de cascarilla que contiene un 40% de fibra bruta.
Los principales factores antinutritivos de la harina de algodón son el gosipol y los ácidos grasos ciclopropenoicos. El gosipol es un pigmento amarillo polifenólico que se encuentra en la semilla en forma libre y que reduce el consumo, la concentración de hemoglobina en plasma y, en casos extremos, puede provocar dificultades respiratorias, insuficiencia circulatoria y la muerte del animal. El nivel de gosipol libre disminuye en la harina (especialmente en la pre-prensada) con respecto a la semilla (0,04-0,30 vs 0,45-1%, respectivamente), ya que en parte se extrae con el aceite y en parte forma complejos indigestibles con aminoácidos, especialmente lisina, como resultado del procesado térmico. La digestión ruminal contribuye a reducir adicionalmente su toxicidad al producirse enlaces del gosipol con la proteína soluble. Como consecuencia, el empleo de la semilla de algodón se limita a rumiantes, mientras que la harina de algodón puede utilizarse también en monogástricos; en todos los casos su uso debe restringirse de acuerdo con la sensibilidad al gosipol del animal que recibe el pienso. Así, en ponedoras comerciales, el gosipol forma complejos con el hierro dando lugar al moteado del huevo y posteriormente, tras el almacenaje, a manchas de color verde oliva en la yema. Actualmente se considera que sólo el gosipol libre daña la productividad mientras que el gosipol ligado sólo perjudicaría la digestibilidad de la lisina. Esta hipótesis está siendo cuestionada, ya que parte del gosipol ligado podría quedar libre tras su paso por el intestino delgado.
El uso de harinas extraídas por presión, con niveles más altos de aceite, puede dar lugar a una coloración rosada del albumen del huevo por la presencia en el mismo de ácidos ciclopropénicos (estercúlico y malválico). Estos ácidos grasos afectan a la integridad de la membrana vitelina modificando el pH y permitiendo la migración de moléculas desde albumen a yema y viceversa. Además, la presencia de estos ácidos grasos inhibe la acción de las desaturasas, lo que resulta en un incremento del porcentaje de ácidos grasos saturados (esteárico) a expensas de los insaturados (oleico) en la grasa del huevo. Como consecuencia, se incrementa la firmeza de la yema del huevo cocido dando lugar a los llamados huevos ‘tipo pelota de golf’ que no son comercializables. En el caso de reproductoras pesadas, estos cambios perjudican la incubabilidad de los huevos, reduciéndose el número de pollitos nacidos vivos.
El contenido medio en FND en harinas de algodón de origen nacional es de un 30%, pero la variabilidad es alta. El contenido en proteína bruta es alto (38,7% como media) pero es deficitaria en aminoácidos azufrados (1,2%) y en lisina (1,5%) que, además, es poco disponible como resultado del tratamiento térmico recibido y la formación subsiguiente de complejos con gosipol libre. El tratamiento térmico explica también las menores proporciones de proteína soluble y degradable en el rumen (25 y 55%, respectivamente) con respecto a la semilla entera. Como consecuencia, niveles altos de harina de algodón en dietas de vacas de alta producción podrían dar lugar a un déficit de lisina digestible.
La principal limitación nutritiva para el uso de la harina de algodón en piensos de monogástricos es la presencia de gosipol libre. No se recomienda sobrepasar 100 ppm en piensos para porcino y broilers, aunque estos niveles podrían superarse si se adicionan sales solubles de Fe. El sulfato ferroso debe añadirse en una proporción 1:1 (Fe:gosipol) en peso, respecto al gosipol libre que exceda los 100 mg/kg, con un aporte máximo de 500 mg/kg. El límite máximo de gosipol es más bajo en piensos de ponedoras y de reproductoras.
Su control de calidad debe incluir la determinación del nivel de fibra, para estimar la incorporación de cascarilla y de gosipol libre. En harinas importadas de países tropicales es también conveniente vigilar la presencia de aflatoxinas. El tratamiento térmico excesivo puede detectarse por la menor solubilidad de la proteína en hidróxido sódico o potásico, aunque este método no es tan preciso como en las harinas de soja.
La semilla entera se usa fundamentalmente en la alimentación de vacas de leche de alta producción, donde su valor nutritivo es elevado. De todos modos debe tenerse en cuenta que: i) su proteína sólo tiene una degradabilidad media (73%) y la proporción de proteína soluble es muy elevada (de entre el 40-50%), ii) parte de la grasa es bypass, de modo que la adición de este ingrediente aumenta la proporción de grasa en la leche (especialmente la concentración en esteárico y oleico), pero también reduce su contenido proteico, iii) la digestibilidad de la fibra depende de la proporción de borra, que es celulosa pura, y, por tanto, altamente degradable en el rumen. El suministro de semilla entera de algodón a vacas de leche no debe sobrepasar los 3 kg por animal y día. En el caso de terneros los niveles máximos de gosipol libre en el pienso deben restringirse a 100 ppm (terneros prerumiantes), 200 ppm (piensos de transición y postdestete) y 600 ppm (terneros de más de 24 semanas). La semilla entera de algodón es un producto voluminoso, lo que complica el manejo y encarece su transporte. Por ello se recomienda su uso directo en sistemas unifeed. Debido al elevado contenido en humedad de algunas partidas importadas y al elevado grado de insaturación de su grasa, es un ingrediente peligroso si no se maneja adecuadamente. Su empleo exige controles periódicos de su grado de enranciamiento, nivel de aflatoxinas y contenido en gorgojos.